多模态 · 可扩展 · 可复现

面向全生命周期的
多模态 MRI 一体化处理流程

OmniPrep 集成 sMRI、fMRI 和 dMRI 的预处理与后续分析，涵盖基于脑图谱的 ROI 特征提取及脑连接组分析，并通过深度学习与并行计算加速处理。

bash — omniprep

$ docker run -it --rm --gpus all\
    -v /path/to/bids:/data -v /path/to/output:/out\
    -v /path/to/license.txt:/license.txt\
    uxhao/omniprep:latest /data /out participant\
    --fs_license_file /license.txt --tasks "anat bold dwi"

为什么选择 OmniPrep

OmniPrep 概览

一条命令，从原始 BIDS 数据到分析就绪的衍生数据，覆盖每一个 MRI 模态。

统一多模态

结构、功能与弥散 MRI 预处理集成于单一连贯的工作流，无需拼接多个工具。

基于 Nextflow

可复现、容器化、可续跑。同一命令行即可从笔记本扩展到 HPC 集群与云端。

图集与 ROI 衍生特征

内置皮层图集、皮层下分割、形态学特征、ROI 时间序列、功能与结构连接组。

内置质量控制

每次运行自动生成 QC 报告、trace 和时间线——含头动 scrubbing 与 FD 帧检测。

年龄感知模板

成人、儿童与婴儿队列，自动年龄检测并匹配 MNI 模板与畸变校正策略。

GPU 加速

自动调用可用 GPU，支持透明 CPU 回退与受监管的 GPU 守护进程。

MRI 模态

内置图集

60+

配置选项

容器运行时

快速开始

三步运行

从原始 BIDS 数据到衍生数据，几分钟完成。

拉取容器镜像

从 Docker Hub 获取预构建的 OmniPrep 镜像。
bash
```
docker pull uxhao/omniprep:latest
```
准备 BIDS 数据与许可证

指向你的 BIDS 目录和 FreeSurfer 许可证文件。

启动流程

以所需模态运行工作流。

bash

docker run -it --rm --gpus all \
  -v /path/to/bids:/data \
  -v /path/to/output:/out \
  -v /path/to/license.txt:/license.txt \
  uxhao/omniprep:latest /data /out participant \
  --fs_license_file /license.txt \
  --tasks "anat bold dwi"

产出内容

OmniPrep 将结果写入 output_dir/derivatives/omniprep：

Recon/BOLD/DWI/QC/ report.htmltimeline.html

FreeSurfer 重建与形态学
去噪 BOLD + 体素/ROI 指标
纤维追踪与连接组
自动化 QC 报告

查看完整指南 →

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